— Храм святителя Иоанна Златоуста был возведён в 1664 году.
— Церковь Иоанна Златоуста также известна как Мироносицкая. Нижняя, «теплая» (или зимняя) церковь использовалась в зимнее время, а «холодная» церковь, расположенная на втором этаже, использовалась в летний период.
На первом этаже размещался тёплый храм с тремя престолами: святителя Иоанна Златоуста, великомученицы Варвары, Василия исповедника (в трапезной).
На втором этаже располагался холодный храм с двумя престолами : Жен мироносиц и всех Вологодских чудотворцев. Также на втором этаже первого яруса колокольни находился придел Александра Свирского.
— В 1930 году, закрывшийся храм отдали под нужды военного ведомства. В нем разместился склад. Возможно, благодаря этому удалось сохранить от уничтожения как сам храм, так и украшение его интерьеров – лепнину и живопись.
— Постановлением Совета Министров РСФСР от 30.08.1960 № 1327 церковь Иоанна Златоуста отнесена к категории объектов культурного наследия федерального значения.
— Согласно указов №149, № 150 от 25.06.2014г., епископа Вологодского и Великоустюгского Игнатия 25.06.2014г. был образован приход храма святителя Иоанна Златоуста г. Вологды Вологодской епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат), настоятелем храма назначен иерей Алексей Калин.
— 26 ноября 2014 года храму исполнилось 350 лет со дня его основания.
Трудами и заботами настоятеля храма и прихожан с Божией помощью в Вологде восстановлена духовная святыня. Сегодня храм Иоанна Златоуста на набережной реки Вологды живет второй своей жизнью.
— 26 ноября 2015 года митрополит Игнатий совершил первую за 85 лет Литургию в приделе преподобного Александра Свирского, в храме святителя Иоанна Златоуста.
— 26 ноября 2018 года в основном приделе в честь святителя Иоанна Златоуста после полного восстановления митрополит Игнатий совершил чин великого освящения
